福井県永平寺をはじめ、厳しい禅風で知られる曹洞宗の正式な修行道場です。
現在も常時10名前後の雲水（修行僧）が智源寺にて日々の修行に励んでおります。

当寺は寛永2年（1625）5月、宮津城主・京極丹後守高広公が、母の惣持院殿松渓智源大禅定尼追善のために建立しました。
山号（松渓山）と寺号（智源寺）はこの松渓智源禅定尼より出ています。
寛文元年（1661）大本山永平寺より僧録司に任ぜられ、丹後曹洞宗の諸寺を統率しました。

本堂は文化元年（1804）3月に再建され、その後修改築されて今に至ります。
御本尊は秘仏としてお祀りしている聖観世音菩薩立像の黄金仏です。
こちらは安永元年（1772）4月、宮津吉原の畑より出土し、宮津城中に40年間祭祀されていたものを文化8年（1811）2月、藩主・本庄宗発公より賜り、秘仏とされています。
飛鳥期末、元興寺の高僧道昭の作で、毎年7月27日の観音大祭では、住職より参拝者1人ひとりの頭上に本尊様をかざし、法徳を頂かせることを習わしとしています

また本堂の格天井に描かれている花草図は、江戸時代後期円山四條派・土佐派、20人の傑作で、京都府の文化財に指定されています。
尚、本堂再建時に作成された障壁画の一部が客殿に再現されています。